У 1830 році був створений Одеський навчальний округ. У 1850 році в с. Нерубайське відкрито народне училище. У 1871 році була заснована церква і відкрита церковно-приходська школа. Спочатку в ній навчалося 17 учнів, і вона була початковою. Тільки після Великої Вітчизняної війни школа стала семирічкою, а в 1953 році - середньої. Тоді в ній навчалося 132 учні і працювало 17 вчителів. У 1962 році учнів стало 252. Школа розташовувалася біля церкви і складалася з п'яти пристосованих приміщень.
З 1943 по 1963 роки працював директором школи Урманжі Григорій Дмитрович. Йому за багатогранну плідну роботу було присвоєно звання "Заслужений вчитель школи РРФСР".
Значний внесок у навчання і виховання підростаючого покоління вніс директор Нерубайське середньої школи Чумаченко Микола Федорович, який працював з 1964 по 1981рр..
У 1966 році Нерубайське середню школу закінчив Чебикін Олексій Якович. Нині академік Чебикін А.Я. - Ректор Південноукраїнського державного педагогічного університету ім. К.Д. Ушинського. З великою повагою Олексій Якович розповідає про вчителя географії Урманжі Аллі Григорівні, з теплотою згадує свою першу вчительку Безроженко Ольгу Миколаївну, вчителя математики Іскрицького Марселя Францевича, учителя англійської мови Буковського Семена Івановича, які самовіддано працювали в даній установі в 60-70 роки.
Корнієнко Сергій Іванович, нині лікар-кардіолог, тепло згадує вчителя російської мови та літератури Гурківскую Єфросинію Мефодіївна, учителя фізики Журавель Євгенію Григорівну.
Випускник Нерубайське середньої школи Дунів Володимир Іванович, головний спеціаліст ветеринарної медицини, з почуттям величезної подяки і поваги згадує своїх наставників-вчителів, які працюють в НСШ в 70-80 роках: вчителі географії Рябченко Віктора Євгеновича, учителя математики Ракул Раїсу Романівну, вчителя початкових класів Іскрицька Любов Семенівну, учителя біології Оленюк Зінаїду Петрівну, вчителя історії Садовську Тамару Михайлівну, учителя української мови та літератури Дейнеко Софію Дем'янівну, учителя російської мови та літератури Малютину Світлану Миколаївну.
У 1988 році в селі була побудована і вступила в дію нова школа на 1176 місць.
У вересні 1993 року на базі Нерубайське середньої школи була створена перша сільська гімназія в Одеській області.
У 1998 році гімназія отримала статус навчально-виховного комплексу.
З 1982 по 2007 роки керував даним навчальним закладом Георгій Васильович Мацкули, який відзначався високими організаторськими здібностями. Успіх становлення та розвитку установи в значній мірі залежав від особистості директора. У школі був створений домашній затишок, сімейна атмосфера любові, доброзичливості, дружби.
У 1992 р Георгій Васильович був обраний делегатом Першого з'їзду педагогічних працівників України, де був членом президії.
За плідну роботу в системі освіти Мацкули Г.В. був нагороджений нагрудним знаком "Відмінник освіти України", йому було присвоєно звання "Старший вчитель". А напередодні Дня вчителя у 2000 році директору було присвоєно звання "Заслужений працівник освіти України".
Більше 40 років вчать і виховують молоде покоління даного навчального закладу ветерани праці, вчителя вищої категорії Рірмак М.І., Гапчук В.М., Шор Л.Б., Чалюк З.І., Мунтян Н.Б., Шкільна А. Д ..
З 1 вересня 2009 року Нерубайський навчально-виховний комплекс очолює Зубрицька Світлана Петрівна, яка внесла неоціненний вклад у розвиток навчального закладу.
